武汉工程大学王牌专业：应用化学、高分子材料与工程、过程装备与控制工程 、制药工程 、化学工程与工艺。
武汉工程大学的王牌专业很强势，尤其是在非211、985高校中更是显眼。学校有5个国家级特色专业，4个教育部"卓越工程师教育培养计划"试点专业。
据5月最新发布的ESI数据显示，武汉工程大学化学、材料科学、工程学3个学科进入ESI全球排名前1％，位列湖北省属高校第一。
国家级特色专业：应用化学、高分子材料与工程、过程装备与控制工程 、制药工程 、化学工程与工艺
教育部"卓越工程师教育培养计划"试点专业：网站工程、矿物加工工程、化学工程与工艺、制药工程
国家级重点学科：化学制药、化学工艺
省级重点学科：化学工程与技术、化学工程、化学工艺、生物化工、应用化学、工业催化、材料科学与工程、材料学、材料物理与化学、材料加工工程、无机化学、高分子化学与物理、环境工程、防灾减灾工程及防护工程 、化工过程机械、机械电子工程、模式识别与智能系统