生物工程专业于1999年创办，为适应生物医药产业作为我国战略新兴产业的发展要求，推行CDIO应用型人才培养模式，2019年被确认为教育部工程教育认证受理专业，拥有生物化工二级学科硕士点和三个省级教学、科研平台。专业领域涉及基因工程、菌种细胞培养与选育、发酵工程、生物产品分离纯化、生物工程工厂设计等方面。
　　培养目标：培养德智体美劳全面发展，具备良好的人文修养和社会责任感，具备相关自然科学、生物学和工程学基本知识，能在生物工程及医药、化工等相关行业的生产企业、科研院所和管理部门等单位从事设计、生产与管理和新产品开发、新技术研究的应用型工程技术人才，成为自觉服务国家的社会主义事业合格建设者和可靠接班人。
　　核心课程：普通生物学、生物化学、细胞生物学、微生物学、化工原理、分子生物学与基因工程、微生物工程、生物反应工程、生物分离工程、生物工程设备等。
就业：可在生物制药、化工、环保、食品以及生物资源利用等与生物工程有关的企业、事业和行政管理部门从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发等工作；也可攻读生物化工、发酵工程、生物化学与分子生物学等专业方向的研究生。