1993年建立“生物化工”专业，1998年更名为“生物工程”2010年首批入选教育部“卓越工程师教育培养计划”全国首批两个国家重点“生物化工”学科之一，具有博士学位授予权，国家“211工程”、“985工程”重点建设学科，教育部生物工程与生物技术专业教学指导分委会委员单位

专业简介：生物工程是一门多学科交叉的工程技术专业，主要运用现代生物学理论和生物技术，结合化学及工程学的基本原理和技术方法，进行生物产品和过程研发与工程设计。本专业培养具备生物工程基础知识，掌握生物产品和过程研发与工程设计能力的高级专门人才，并为进一步培养高层次科学研究人才奠定基础。每年招收本科生60名，硕士生50余名，博士生20余名。本科毕业生主要去向：出国深造（约20%），国内高校和研究所攻读硕、博士学位（约40%，其中保送生约20%），国有大中型企事业单位（约20%），高端外企、民企和自主创业（约20%）。

国际交流：与多所国际著名高校建立了广泛深入的合作关系，聘请外国专家授课，开展学生互换交流，与美国约翰霍普金斯大学合作开设《基因组的人工设计合成》等国际前沿课程。学生出国深造的国际著名高校包括：美国哈佛大学，耶鲁大学，麻省理工学院，普林斯顿大学，加州大学伯克利分校，康奈尔大学，杜克大学，密歇根大学，伊利诺伊大学香槟分校，英国剑桥大学，比利时鲁汶大学等。学生在本科生国际最高水平赛事——“国际基因工程机器大赛”（麻省理工学院主办）和“国际生物分子设计大赛”（哈佛大学主办）中获得21枚金牌、5枚银牌。

科学研究：依托生物化工国家重点学科和系统生物工程教育部重点实验室，形成了四个特色鲜明的研究方向：生物信息学与合成生物学（张春霆院士）；界面与分子生物工程（国家杰出青年基金获得者、长江学者孙彦教授）；生物反应与代谢工程（教育部生物工程与生物技术专业教指委委员赵学明教授）；工业生物过程的系统分析与优化（国家杰出青年基金获得者、国家级教学名师元英进教授）。“十一五”期间本学科完成国家和省部级科研课题50余项，经费五千余万元，发表学术论文300余篇，居国内领先地位。