细菌不是都有鞭毛的，鞭毛是属于细胞的特殊结构，有的细菌有，有的细菌没有。细菌的基本结构如细胞壁、细胞膜、细胞质、核质才是所有的细菌都有的。细菌的特殊结构还有菌毛、芽孢和荚膜，只有一部分细菌有鞭毛。
原生质神经伸出细胞外形成的鞭状物，一条或多条，有运动、摄食等作用。鞭毛虫以及各种动植物的精子等都有鞭毛。是常见的细菌细胞器之一。
在某些菌体上附有细长并呈波状弯曲的丝状物，少则1-2根，多则可达数百根。这些丝状物称为鞭毛，作用是负责细菌的运动。
从一些原核细胞和真核细胞表面伸出的、能运动的突起。鞭毛较长，数目少；纤毛与鞭毛有相同的结构，但较短，数目多。细菌的鞭毛则有完全不同的结构。
鞭毛一般长约150微米，纤毛5～10微米，两者直径相近，为0.01～0.03微米。大多数动物和植物的精子都有鞭毛。精子及许多原生动物都以鞭毛或纤毛为运动器。
具有鞭毛的细菌大多是弧菌、杆菌和个别球菌。
细胞表面的细长鞭状原生质突起，其功能为运动、摄食等，某些细菌菌体的一端、两端或周围也有鞭毛。主要类型有尾鞭型、茸鞭型等。尾鞭型：鞭毛的一种类型。在电镜下观察，鞭毛表面无茸毛(或鞭茸)。常见于绿藻门、轮藻门游动孢子或精子的鞭毛，高等植物中的苔藓和蕨类的精子均为尾鞭型的鞭毛。还有一些藻类和低等真菌的游动细胞具1条尾鞭型的鞭毛和1条茸鞭型鞭毛。茸鞭型：鞭毛的一种类型。在电镜下观察，鞭毛表面具许多羽状排列的茸毛(或鞭茸)。常见于裸藻、隐藻门的种类。在甲藻、褐藻以及一些低等真菌中，常见在同1个游动细胞上具1条茸鞭型鞭毛，另1条为尾鞭型鞭毛。