胚胎干细胞不是全能干细胞。实际上，只有受精卵和早期卵裂球细胞具有发育为完整个体的能力，是全能干细胞。当胚胎发育到囊胚时，其干细胞具有分化为各种细胞类型的能力，是多能干细胞。
全能干细胞是能够分化发育成为各种组织器官的细胞，其全能性很强。全能干细胞是指受精卵到卵裂期32细胞前的所有细胞。全能干细胞是指具有无限分化潜能，能分化成所有组织和器官的干细胞。具有形成完整个体分化潜能。胚胎干细胞就属于这一种。胚胎干细胞在进一步的分化中，可形成各种组织干细胞，又称多能干细胞，多能干细胞也叫APSC多能细胞，它具有分化出多种细胞组织的潜能，但失去了发育成完整个体的能力，发育潜能受到一定的限制。
多能干细胞，具有分化出多种细胞组织的潜能，但失去了发育成完整个体的能力，发育潜能受到一定的限制。骨髓多能造血干细胞是典型的例子，它可分化出至少十二种血细胞，但不能分化出造血系统以外的其它细胞。 2009年6月3日中国科学家肖磊领导的科研小组首次从猪的体细胞中培育出多能干细胞，这也是世界上首次提取出家养有蹄类动物的多能干细胞。
多能干细胞(Pluripotent Stem Cells)是一类具有自我更新、自我复制能力的多潜能细胞。在一定条件下，它可以分化成多种APSC多能细胞，多能干细胞(HSC)具有分化出多种细胞组织的潜能，但失去了发育成完整个体的能力，发育潜能受到一定的限制。