从最新公布的ESI数据中，我们可以看到：清华大学进入ESI前百分之一的学科有17个，进入ESI前千分之一的学科有5个。而浙江大学、上海交通大学进入ESI前百分之一的学科都已经达到18个，进入ESI前千分之一学科也分别达到8个和6个，都超过了清华大学。可以看出，除了北京大学外，两所高校是我国顶尖学科数最多的两所985大学。
在人们的印象中，清华大学、北京大学才是我国实力最强的顶尖985大学，所以，按道理来说，清华大学的顶尖学科数也应该是985大学当中最多的，但是，我们可以看到，浙江大学、上海交通大学的顶尖学科数已经超过了清华大学，顶尖学科数量超清华大学，这两所985大学科研实力真的很强！
2000年左右，我国顶尖985大学纷纷开始合并医科大学，其中浙江大学合并了浙江医科大学，上海交通大学合并了上海第二医科大学，而清华大学本来是要合并北京协和医学院的，但最终并未真正合并成功，北京协和医学院虽然也叫清华大学医学部，但还是独立存在的。现在的清华大学虽然也有医学院，但这个医学院是在2001年才成立的，实力还不是很强。
从公布的ESI数据中可以发现，浙江大学、上海交通大学的临床医学、药理学都已经进入ESI前千分之一，如果除去这两个学科，这两所985大学的顶尖学科数是少于清华大学的。
另外，上海交通大学、浙江大学的农业科学也都进入了ESI前百分之一，但清华大学并没有开设农学学科。虽然如此，清华大学在ESI综合实力排名中依旧领先于浙江大学、上海交通大学，清华大学入选“世界一流学科建设学科”的学科数也要远远多于浙江大学和上海交通大学，所以，清华大学依然是我国实力最强的两所顶尖985大学之一。