一是考试目的不同。合格考目的是检查全体高中学生是否达到了普通高中课程方案和课程标准规定的基本学业要求，可以称为“强化基础”；选择等级考目的则是在“强化基础” 的前提下，凸显不同高中生在学业修习上的学科特长，可以 称为“突出个性”。
二是考试科目不同。合格考覆盖国家课程方案规定的所有学习科目。选择等级考是学生根据自身兴趣、志向、优势和高等学校招生要求以及普通高中办学条件，3+1+2高考模式省份在“物理、历史”中首选1门科目、在“思想政治、地理、化学、生物学”中再选2门科目，共计3个科目组成选择考科目，3+3高考模式省份在物理、化学、生物、政治、历史、地理中选择3门。
三是考试内容范围不同。合格考为普通高中各学科课程标准确定的必修内容；选择考范围为普通高中各学科课程标准确定的必修和选择性必修内容。
四是成绩呈现不同。合格考科目成绩分为“合格”、“不合格”。选择考中，首选科目成绩以原始成绩呈现；再选科目成绩以等级分形式呈现。
五是考试时间和考试机会不同。合格考每学年组织1次, 考试时间安排在每学年下学期末。学生首次参加合格考时间为高一下学期期末，由学生选择3门科目参加考试。学生在校期间每门科目参加一次合格考，成绩不合格的可参加一次补考。选择等级考每年组织一次，时间安排在当年6月份全国统一高考时一并进行。
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