南京工业大学的强势学科有：化学工程与工艺、计算机科学与技术、安全工程、土木工程、材料科学与工程、无机非金属材料工程、高分子材料与工程、生物工程等。主要的强势学科都是以理工科类为主。
南京工业大学王牌专业名单
一级学科国家重点学科： 化学工程与技术（覆盖化学工程、化学工艺、应用化学、生物化工、工业催化5个二级学科）
教育部特色重点学科项目： 化学工程与技术
“十三五”省重点学科： 化学、药学
江苏省一级学科国家重点学科培育建设点： 材料科学与工程
江苏高校国家重点学科培育建设点： 化工过程机械、生物化工
江苏省一级重点学科： 材料科学与工程
江苏省重点学科： 生物化工、工业催化、材料物理与化学、材料学、岩土工程、安全技术及工程、发酵工程、化工过程机械
江苏高校优势学科建设工程： 工业生物技术与医药制造、化学工程与技术、材料科学与工程、公共安全与节能、化学工程与技术、轻工技术与工程、材料科学与工程、安全科学与工程、先进能源技术与装备、土木工程防灾与节能
“十一五”校级重点学科： 化学化工、工业生物技术、材料科学与工程、机电控制工程、土木建筑、人文社科与管理、安全能源环境、医药食品
“十一五”国家特色专业建设点： 生物工程，安全工程，化学工程与工艺，计算机科学与技术，土木工程，过程装备与控制工程，冶金工程，材料科学与工程，无机非金属材料工程，高分子材料与工程，金属材料工程，复合材料与工程
教育部卓越工程师教育培养计划试点专业： 化学工程与工艺、土木工程、制药工程、安全工程、电气工程及其自动化、无机非金属材料工程、过程装备与控制工程
江苏省品牌专业： 化学工程与工艺、无机非金属材料工程、过程装备与控制工程、生物工程、勘查技术与工程、安全工程、制药工程、建筑环境与设备工程
江苏省特色专业： 自动化、建筑学、土木工程、工程管理、应用化学、机械工程及自动化、计算机科学与技术、给排水科学与工程、城市规划、环境工程