鄂尔多斯应用技术学院以本科教育为主，将逐步建设涵盖工学、医学、管理学、艺术学等学科专业体系，主要培养地区经济社会发展所需要的应用型、技术技能型人才，现开设交通运输、机械工程、汽车服务工程、化学工程与工艺、材料化学、土木工程、自动化、电气工程及其自动化、电子信息科学与技术、计算机科学与技术、音乐表演、舞蹈表演、护理学、医学检验技术、眼视光学等15个本科专业。此外，现有地下工程与地下技术1个硕士点，设置护理、临床医学、蒙医学、眼视光技术、医学检验技术、药品经营与管理、医学影像技术、建筑工程技术、应用化工技术、机电一体化技术等10个 专科 专业，设置护理、蒙医医疗与蒙药、农村医学、中药、医学检验技术、医学影像技术、助产、药剂等8个中专专业。现有全日制在校生6857人，其中研究生、本科学生3357人。
2020年招收机械工程（专业代码：080201）、交通运输（专业代码：081801）、汽车服务工程（专业代码：080208）、自动化（专业代码：080801）、电子信息科学与技术（专业代码：080714）、计算机科学与技术（专业代码：080901）、电气工程及其自动化（专业代码：080601）、土木工程（专业代码：081001）、化学工程与工艺（专业代码：081301）、材料化学（080403）、护理学（专业代码：101101）、医学检验技术（专业代码：101001）、眼视光学（专业代码：101004）、音乐表演（专业代码：130201）、舞蹈表演（专业代码：130204）等15个本科专业。护理（专业代码：620201）、医学影像技术（专业代码：620403）、康复治疗技术（专业代码：620501）3个专科专业。招生计划由内蒙古自治区招生管理部门以规定的形式向社会公布。