意思不同、用法不同、侧重点不同。howcome的意思是“为什么会那样、怎么会那样”的含义，why的意思是“为什么、为何”等含义。how come侧重于口语用法，不在书面语中出现；why侧重于万能的问原因，什么时候都可以用。
howcome和why的用法
how come用法：
作感叹词时，主要表示吃惊、承认、认可，如果对方提的问题过于简单，回答时可以用来表示轻微的惊异，有时用来表示不耐烦、抗议或异议。
why用法：
why的意思是“为什么”，可用作疑问副词，也用作关系副词，还用作连接副词，可以引导名词从句。why作为疑问副词，引导特殊疑问句或省略的特殊疑问句，表示疑问，意思是“为什么”，后面跟不带to的动词不定式，意思是“为什么要…”，表示某一动作是不必要的或无意义的。