温州医科大学是一本，是第二批省重点建设高校，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权，是国家卫生健康委员会、教育部和浙江省人民政府三方共同建设的高校，入选国家“111计划”、“卓越医生教育培养计划”。
温州医科大学是浙江省省属普通高等学校。学校可溯源至创办于1912年的浙江医学专门学校，1958年8月由浙江医学院从杭州分迁至温州建立，初名“浙江第二医学院”，后以校址所在地定名为“温州医学院”，2013年更名为“温州医科大学”，2015年成为浙江省政府、国家卫生健康委和教育部共建高校。2017年，成为浙江省重点建设高校。
拥有1个省部共建国家重点实验室、1个国家工程技术研究中心、1个国家临床医学研究中心（眼科疾病）、1个国家国际科技合作基地、1个国家国际联合研究中心、18个省部级重点实验室（研究中心）、1个浙江省“2011协同创新中心”，1个浙江省哲学社会科学重点研究基地。2个浙江省“重中之重一级学科”，3个浙江省A类一流学科、7个B类一流学科，10个浙江省高校重点学科，2个浙江省重点建设学科。