平行志愿的顺序有影响，平行志愿在录取时，按照“分数优先，遵循志愿”的原则进行投档，对同一科类分数线上未被录取的考生按总分从高到低排序进行一次性投档，即所有考生排一个队列，高分者优先投档。
平行志愿有先后顺序吗
平行志愿有没有先后顺序，要分为两种情况：
1、考生与考生之间，平行志愿是没有顺序的。考生与考生之间投档的时候，与你填报的志愿顺序没有任何关系，只与高考分数有关系。谁的分数高首先检索谁的志愿。
2、当检索到你的高考分数时，你填报的志愿就有顺序了。招考办要按照你志愿的填报顺序进行检索，如果有多个学校达到了分数要求，就只能把你投档到填报在最前面的学校。
平行志愿投档的规则
(一)成绩优先、遵循志愿。就同一科类整体而言，高位次考生优先获得投档机会;就考生个体而言，则依志愿顺序投档。
(二)一次性原则。每批次的同一次填报的平行志愿只在同一轮投档中有效。
1. 对每次填报的同批次平行志愿只进行一次投档，未能投档的考生其原来所填报的本批次志愿作废，考生可填报本批次后续的征集志愿或参与下一批次录取。
2. 对本次投档未完成计划的高校，不能补投原有志愿考生的档案，其未完成的招生计划须统一向社会公布，重新征集志愿。
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平行志愿的录取规则
一是志愿并列，考生所填报的多个院校志愿属于并列关系，即在同一投档时间段，考生所填院校均有可能被检索;
二是分数优先，在检索考生填报的院校志愿前，首先要将所有考生分文史、理工类按投档分(高考总分加政策照顾分)从高分到低分进行位次排列，投档检索时，先从最高位次考生志愿检索，再依次检索以后位次的考生志愿;
三是遵循志愿，考生所填报的多个院校志愿虽然属于并列关系但是院校志愿栏目之间仍有自然排列顺序，检索时，是按考生填报排列的院校顺序依次进行的，当考生的投档分符合首先被检索到的院校投档线时，该生即投到该院校，由高校择优录取，考生档案一旦投出，即不再检索该生的其它志愿;
四是一轮投档，因考生所填报的志愿是平行的，故投档检索只能进行一轮，如果考生因几个平行志愿均未满足院校条件而未被投档，或投档后由于某种客观原因被退档时，可以参加同批次征求志愿或下一批次的投档检索。